
No século XIX e início do século XX, com a chegada dos missionários e de fazendeiros esses índios “subiram” o rio Nhamundá e se situaram em locais de difícil acesso onde hoje é a aldeia Indígena do área indígena Nhamundá-Mapuera.
Em 1758 ocorre sua elevação à vila e passou a ser chamado de Vila Affonso de Carvalho. Na divisão administrativa do Brasil de 1911, aparece como distrito integrante do município de Parintins.

Em 19 de dezembro de 1955, pela Lei Estadual nº 96, o distrito de Ilha das Cotias é desmembrado de Parintins. Em 31 de janeiro de 1956, na Ilha Affonso de Carvalho, ás 16 horas em frente à Igreja de Santo Antônio (atual igreja de N. S. de Assunção), presentes grandes números, de todas as classes sociais, autoridades, com a palavra o Presidente da Assembleia Deputado José Henrique Souza Filho representando o Exmo. Sr. Dr. Plínio Ramos Coelho, Governador Constitucional do Estado do Amazonas foi instalado o município autônomo de Nhamundá.